Bez wątpienia odsetki naliczone i zapłacone po zakończeniu inwestycji, tj. po dniu oddania środka trwałego oraz wartości niematerialnych i prawnych do używania, nie powiększają wartości początkowej tych składników majątku. W związku z tym, w powyższej sytuacji, zaliczenie zapłaconych odsetek od pożyczek i kredytów w całości do kosztów uzyskania przychodów uzależnione jest od tego, czy przepisy o cienkiej kapitalizacji nie stawiają w tym zakresie ograniczeń.

Przy stosowaniu przepisów o cienkiej kapitalizacji należy mieć na uwadze. że regulacje te dotyczą tylko i wyłącznie odsetek od pewnej kategorii pożyczek i kredytów. Nie mają więc zastosowania do innych odsetek, np. z tytułu zwłoki w spełnieniu świadczenia.

Przepisy o cienkiej kapitalizacji nie odnoszą się w żaden sposób do zagadnienia wysokości stopy odsetek. Ustalenie wysokości odsetek należnych od pożyczek i kredytów powyżej (poniżej) wartości rynkowej podlega kontroli na podstawie art. 11 PDOPrU, po spełnieniu przewidzianych tam przesłanek.

Równie ważne jest to, że przepisy o cienkiej kapitalizacji ograniczają możliwość zaliczania w koszty uzyskania przychodów odsetek od tej części kapitału pożyczki lub kredytu, który przekracza określony w ustawie próg. Jego określenie jest możliwe po ustaleniu wysokości kapitału zakładowego oraz wysokości tzw. zadłużenia. Jeżeli pożyczka przekracza określony próg, wówczas odsetki od części kapitału pożyczki (kredytu) przekraczającej ten próg nie są kosztem uzyskania przychodów. Kosztem uzyskania przychodu są uiszczone odsetki od tej części kapitału pożyczki lub kredytu, która nie przekracza powyższego progu.