Terminy uiszczania, wysokość i sposób obliczania wpłat na pokrycie kosztów nadzoru ustalone zostały w rozp. MinFin z 23.12.2003 r. w sprawie wpłat na pokrycie kosztów nadzoru nad działalnością ubezpieczeniową, działalnością z zakresu pośrednictwa ubezpieczeniowego, funduszy emerytalnych i pracowniczych programów emerytalnych (Dz.U. Nr 228, poz. 2264). Zgodnie z tym rozporządzeniem wysokość wpłat na pokrycie kosztów nadzoru nad działalnością funduszy emerytalnych za dany rok oblicza się, mnożąc procentowy udział składki, wpłaconej do zarządzanego przez dane powszechne towarzystwo emerytalne, otwartego funduszu emerytalnego w składkach wpłaconych do wszystkich otwartych funduszy w danym roku przez procentowy udział zaliczek należnych od powszechnych towarzystw emerytalnych w ogólnej sumie zaliczek należnych od zakładów ubezpieczeń i powszechnych towarzystw emerytalnych i przez poniesione ogółem koszty nadzoru w danym roku. Iloczyn ten nie może być jednak wyższy od iloczynu procentowego udziału składki wpłaconej do zarządzanego przez dane powszechne towarzystwo emerytalne otwartego funduszu emerytalnego w składkach wpłaconych do wszystkich otwartych funduszy emerytalnych w danym roku oraz kwoty stanowiącej 0,14% składek wpłaconych do wszystkich otwartych funduszy emerytalnych w danym roku. Przy czym wysokość składek wpłaconych do wszystkich otwartych funduszy emerytalnych, a także wysokość kosztów nadzoru ustala się na podstawie informacji uzyskanych od KNUiFE.

Powszechne towarzystwa emerytalne tytułem zaliczki na poczet tych kosztów dokonują co miesiąc wpłat na rzecz KNUiFE w wysokości 0,1064% sumy składek wpłaconych w danym miesiącu do otwartego funduszu emerytalnego zarządzanego przez to towarzystwo.