Z wyjątkową sytuacją mamy do czynienia wtedy, kiedy odsetki zostaną doliczone do kwoty pożyczki (kredytu), tj. zostaną skapitalizowane. W rezultacie następuje zwiększenie kwoty, od której następuje obliczanie odsetek. Spłata tej części pożyczki (kredytu), która powstała z doliczenia odsetek do kwoty dłużnej, jest kosztem uzyskania przychodu w momencie jej dokonania. Jak wskazuje MF w piśmie z 13.1.1999 r. (PB3-5912- 722-604/HS/98, Biul.Skarb. 1999/1/11):

„Przy ewentualnej restrukturyzacji części wierzytelności z tytułu odsetek skapitalizowanych poprzez ich umorzenie, czyli zwolnienie dłużnika z długu dokonane stosownie do art. 508 Kodeksu cywilnego, ma miejsce wygaśnięcie zobowiązania, gdy wierzyciel zwalnia dłużnika z długu, a dłużnik zwolnienie przyjmuje. Wówczas, w dacie umorzenia odsetek skapitalizowanych na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 44 i w związku z art. 16 ust. 1 pkt 11 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, u wierzyciela uprzednio zaliczone do przychodów, lecz nie otrzymane, odsetki skapitalizowane są kosztem uzyskania przychodów. U dłużnika wartość tych umorzonych skapitalizowanych odsetek od zobowiązań stanowiących uprzednio koszty uzy- skania przychodów jest przychodem w dacie umorzenia na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Dodatkowo wyjaśnia się, że powyższe zasady nie dotyczą odsetek od kredytów i pożyczek zwiększających koszty inwestycji, które stosownie do art. 16 ust. 1 pkt 12 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie mogą stanowić kosztów uzyskania przychodów w okresie realizacji tych inwestycji.

Ponadto wyżej omówione zasady opodatkowania odsetek nie mają także zastosowania do odsetek za zwlokę z tytułu nieterminowych wpłat należności budżetowych i innych należności, do których stosuje się przepisy Ordynacji podatkowej, oraz innych odsetek wymienionych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych jako odsetki nie stanowiące kosztów uzyskania przychodów ”.

Obowiązek zapłaty odsetek od zaciągniętej pożyczki (kredytu) w danym 60 okresie obrachunkowym musi wynikać z umowy, przykładowo z umowy kredytowej zawartej z bankiem. W sprawie sposobu udokumentowania przez podatnika obowiązku zapłaty odsetek od zaciągniętej pożyczki wypowiedział się NSA. W wyroku z 9.7.1997 r. (I SA/Wr 1724/96, DP 1998/4/31)NSA orzekł:

„Nie są kosztem uzyskania przychodów wypłaty przez spółkę określonych kwot na rzecz wspólników spółki z tytułu rzekomych odsetek od pożyczki, skoro brak jest jakiegokolwiek wiarygodnego dowodu, który potwierdziłby fakt zaciągnięcia przez spółkę od wspólników pożyczki pieniężnej, z obowiązkiem spłaty odsetek bankowych, którymi z kolei bank obciążał wspólników”.