Wartość brutto będzie stanowiła podstawę ustalenia wartości początkowej także w przypadkach określonych w art. 25 VATU. Znajdzie on zastosowanie do nabywanych przez podatnika:

– towarów służących do wytworzenia lub odprzedaży zwolnionych od podatku,

– samochodów osobowych oraz innych samochodów o dopuszczalnej ładowności do 500 kg, z wyjątkiem przypadków, gdy odprzedaż lub oddanie w odpłatne używanie na podstawie umów leasingu tych samochodów stanowi przedmiot działalności podatnika,

– części składowych zużytych do wytworzenia przez podatnika samochodów osobowych oraz innych samochodów o dopuszczalnej ładowności do 500 kg,

– towarów, których nabycie zostało udokumentowane fakturami otrzymanymi przed dniem utraty zwolnienia określonego w art. 14 ust. 1 lub 6 albo przed dniem rezygnacji z tego zwolnienia, z wyjątkiem przypadków określonych w art. 14 ust. 3 i 3b VATU,

– towarów, których nabycie nastąpiło w wyniku darowizny,

– towarów, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów (nie dotyczy podatku od importu towarów stanowiących wkłady niepieniężne (aporty) do spółek prawa handlowego).

W piśmie MF z 20.8.1999 r. (PPl-7204/32/99/KSz, Biul.Skarb. 1999/5/32), wydanym na podstawie art. 14 § 1 pkt 2 OrdPU, czytamy: „ Zgodnie z art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z 8.1.1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr ll.poz. 50zezm.) obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, którymi rozporządzono w sposób niepozwalający na zaliczenie poniesionych wydatków do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym. Powyższy przepis nie dotyczy jednak, zgodnie z art. 25 ust. 2 pkt 1 ustawy, wydatków związanych z nabyciem towarów i usług, które na podstawie odrębnych przepisów zaliczane są przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji.

W związku z powyższym otrzymanie środków pieniężnych (np. od innych podatników, z Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych lub dotacji budżetowych) na pokrycie kosztów związanych z nabyciem środków trwałych podlegających amortyzacji, wykorzystywanych następnie do wykonywania czynności opodatkowanych, nie powoduje u podatnika (nabywającego te towary) utraty prawa określonego w art. 20 ust. 2 ww. ustawy, zgodnie z którym podatnik może dokonać obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, związanych ze sprzedażą opodatkowaną