Zasadnicza zmiana stanu prawnego polega na tym, że od 1.1.1999 r. organy podatkowe nie mogą kwestionować na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 38 i 38a zaliczenia w koszty uzyskania przychodu wydatków poniesionych przez podatnika na wynagrodzenie wypłacane wspólnikom lub akcjonariuszom podatnika z tytułu wykonania umów zlecenia, o dzieło, o świadczenie usług i innych umów. W tym zakresie zmiana przepisów zgodna jest ze stanowiskiem prezentowanym wielokrotnie przez MF odnośnie możliwości zaliczania do kosztów uzyskania przychodów wydatków na wynagrodzenie wypłacane wspólnikom lub akcjonariuszom podatnika z tytułu ww. umów. Zgodnie z wykładnią MF, art. 16 ust. 1 pkt 38, w wersji obowiązującej przed 1.1.1999 r. dopuszczał zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków poniesionych na rzecz wspólników/akcjonariuszy z tytułu umów zlecenia i o dzieło łączących podatnika ze spółką z ograniczoną odpowiedzialnością lub akcyjną. Stanowisko MF przedstawiono w dalszej części komentarza.

Przeciwnego zdania był SN oraz NSA: sądy te w wielu wyrokach stwierdzały, że powyższe wydatki nie stanowią dla podatnika kosztów uzyskania przychodów. Jednym z ważniejszych orzeczeń w tym przedmiocie jest wyrok SN z 26.9.1996 r. (III ARN 47/96, POP 1999/4/122). Stwierdzono w nim, że:

„wydatki na rzecz udziałowców (akcjonariuszy) spółki prawa handlowego stanowią dla niej koszty uzyskania przychodów tylko wtedy, gdy zostały poniesione z tytułu pozostawania udziałowców ze spółką w stosunku pracy (art. 16 ust. 1 pkt 38 PDOPrU)”.

Wyrok ten wywołał szeroką dyskusję w piśmiennictwie. Został on skrytykowany m.in. przez M. Aleksandrowicza, A. Dębiec, Glosa 1997/12/18: P. Rybaczyka, Dor.Podat. 1997/10/33: B. Brzezińskiego, M. Kalinowskiego, POP 1999/4/401. Częściowo krytyczną glosę opublikował R. Mastal- ski, OSP 1997/9/158.

Pozytywnie wypowiedział się R. Kubacki, Glosa 1998/5/21, który stwierdził, że: „ustawodawca, posługując się terminem »wydatki na rzecz udziałowców (akcjonariuszy)«, każe nam na gruncie językowych dyrektyw wykładni rozumieć go szeroko. Zwrot ten będzie również obejmował sytuację, gdy Spółka płaci swoim udziałowcom (akcjonariuszom) za świadczone na jej rzecz przez tych udziałowców (akcjonariuszy) usługi czy sprzedawane towary. (…) Należy uznać, na tle językowej wykładni art. 16 ust. 1 pkt 38 PDOPrU, że nie są kosztami uzyskania przychodu wydatki poniesione na rzecz udziałowców (akcjonariuszy), których ze spółką nie łączył stosunek pracy”.