Zgodnie z postanowieniami art. 184 FundEmU utworzony został Fundusz Gwarancyjny stanowiący rodzaj funduszu zabezpieczającego prawidłowe rozliczenie transakcji zawieranych przez powszechne towarzystwa emerytalne. Jak wspomniano powyżej fundusz ten składa się z części podstawowej i części dodatkowej. Część podstawowa funduszu administrowana jest przez Krajowy Depozyt Papierów Wartościowych (dalej zwany: „Krajowym Depozytem”). Część dodatkową Funduszu Gwarancyjnego stanowią środki przekazywane przez powszechne towarzystwa emerytalne na wydzielone rachunki otwarte w zarządzanych przez nie otwartych funduszach emerytalnych. Środki te stanowią aktywa otwartych funduszy. Wysokość środków na rachunku części dodatkowej Funduszu Gwarancyjnego nie może wynosić mniej niż 0,3%, ale nie więcej niż 0,4% wartości aktywów netto otwartego funduszu.

Przychodami Funduszu Gwarancyjnego są wpłaty dokonywane przez powszechne towarzystwa emerytalne z własnych środków oraz przychody z lokowania środków Funduszu Gwarancyjnego. Wpłaty każdego powszechnego towarzystwa emerytalnego do części podstawowej Funduszu Gwarancyjnego stanowią określoną procentowo, identyczną dla wszystkich otwartych funduszy, wartość aktywów netto otwartego funduszu zarządzanego przez to towarzystwo. Ich wysokość ustalana jest w każdym kolejnym kwartale kalendarzowym, a rozp. RM z 7.9.1999 r. w sprawie wysokości i zasad dokonywania wpłat przez powszechne towarzystwa emerytalne do Funduszu Gwarancyjnego (Dz.U. Nr 75, poz. 838) określiło tę wysokość dla każdego powszechnego towarzystwa emerytalnego na 0,1% wartości aktywów netto otwartego funduszu zarządzanego przez to towarzystwo, według stanu na ostatni dzień wyceny w danym kwartale kalendarzowym, chyba że wartość zobowiązań Funduszu Gwarancyjnego przekracza całkowitą wartość jego środków. Na poczet każdej kolejnej wpłaty zalicza się wpłatę dokonaną przez powszechne towarzystwo emerytalne w ubiegłym kwartale, powiększoną o pożytki z jej lokowania i pomniejszoną o wynagrodzenie należne Krajowemu Depozytowi.