Do wynagrodzeń wypłacanych członkom wchodzącym w skład zarządu spółki nie mają zastosowania przepisy powołanego art. 16 ust. 1 pkt 38 ustawy, gdyż zarząd spółki nie jest organem stanowiącym, a jedynie zarządzającym (wykonawczym) sprawami spółki. Zatem wynagrodzenia i inne wydatki ponoszone na rzecz członków zarządu spółki, zarówno będących, jak i niebędących udziałowcami (akcjonariuszami), są kosztem uzyskania przychodu do wysokości wynikającej z zawartych umów o pracę lub uchwał wspólników.

Postanowienia art. 16 ust. 1 pkt 38 powołanej ustawy mają zastosowanie do wydatków, z wyjątkiem wynagrodzeń funkcyjnych z tytułu pełnionych funkcji w radzie nadzorczej, komisji rewizyjnej albo organie stanowiącym osoby prawnej, ponoszonych na rzecz osób wymienionych w tym przepisie, jeżeli jedynym tytułem poniesienia tych wydatków jest bycie udziałowcem (akcjonariuszem) lub uczestnictwo w składzie rady nadzorczej, komisji rewizyjnej albo organie stanowiącym osoby prawnej”.

W piśmie MF z 4.10.1996 r. (PO 4/AK-722-407/96, Biul.Skarb. 1997/1/22) wyrażono stanowisko, iż konieczne jest rozdzielenie treści stosunków spółka-udziałowiec, wynikających z różnych dziedzin prawa, to jest prawa handlowego albo prawa cywilnego:

„Spółka ma przecież prawo do zawierania umów cywilnych z innymi podmiotami (umowy zlecenia, umowy o dzieło) na wykonanie świadczeń na rzecz tej spółki. W takim przypadku spółka może wybrać kontrahenta (zleceniobiorcę), z którym umowa jest dla spółki najkorzystniejsza. Jeżeli więc oferta podmiotu, który jest udziałowcem lub akcjonariuszem, jest pod względem ekonomicznym korzystna dla spółki, zaś wydatek spółki z tego tytułu został poniesiony w celu osiągnięcia przychodu, wydatek ten należy uznać za koszt uzyskania przychodu ”.

W związku ze zmianami w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych MF zajęło swoje stanowisko w piśmie z 25.1.1999 r., (PO4/AK-802-564/98 Biul.Skarb. 1999/1 /12), w którym znalazły się następujące wyjaśnienia:

„ Z dniem 1.1.1999 r. weszły w życie przepisy ustawy z 20.11.1998 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. Nr 144, poz. 931). Art. 1 pkt 12 lit. a) tiret 9 nadał nowe brzmienie art. 16ust. 1 pkt 38 ustawy z 15.2.1992 r. opodat- ku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 1993 r. Nr 106, poz. 482 zezm.). Zgodnie z tymi przepisami, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków związanych z dokonywaniem jednostronnych świadczeń na rzecz udziałowców (akcjonariuszy) lub członków spółdzielni niebędących pracownikami w rozumieniu odrębnych przepisów… Zmiana brzmienia tego przepisu nie ma jednak charakteru merytorycznego, lecz wyłącznie redakcyjny. Wynika ona z potrzeby takiego sformułowania tego przepisu, aby nie budził on wątpliwości interpretacyjnych, których wyrazem było m.in. niejednolite orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego w tym zakresie ”.