Zgodnie z art. 4a PDOPrU, pod pojęciem „zorganizowanej części 9 przedsiębiorstwa” rozumieć należy wyodrębniony organizacyjnie i finansowo w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników, zarówno o charakterze materialnym, jak i niematerialnym, w tym zobowiązania, który może samodzielnie realizować określone zadania gospodarcze, a zarazem mógłby stanowić odrębne przedsiębiorstwo1.

Przepis art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. b) PDOPrU nie uznaje za koszty uzyska- 10 nia przychodów wydatków na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, w tym również wchodzących w skład nabytego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części.

Jednakże powyższe wydatki po ich aktualizacji i pomniejszeniu o dokonane odpisy amortyzacyjne są kosztem uzyskania przychodów przy ustalaniu dochodu ze sprzedaży rzeczy i praw majątkowych bez względu na czas ich poniesienia.

Wydatki na nabycie lub wytworzenie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych nie są bezpośrednio uznawane za koszty uzyskania przychodów, a jedynie w sposób pośredni obciążają te koszty poprzez odpisy amortyzacyjne dokonywane od ich wartości początkowej ustalonej zgodnie z art. 16g PDOPrU.

Przepis art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. c) PDOPrU wyłącza z kosztów uzyska- 11 nia przychodów, dla celów podatku dochodowego, wydatki poniesione przez podatnika na ulepszenie środków trwałych, j eżeli wydatki te, zgodnie z art. 16g ust. 13 PDOPrU, powiększają wartość tych środków trwałych, stanowiącą podstawę naliczania odpisów amortyzacyjnych. Przy czym pod pojęciem ulepszenia ustawodawca rozumie przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację środka trwałego. Powyższe wydatki będą jednak stanowiły koszty uzyskania przychodów w sposób pośredni, poprzez zwiększoną kwotę odpisów amortyzacyjnych. Jeżeli jednak wydatki tego rodzaju nie powiększają zgodnie z art. 16g ust. 13

„ Wątpliwości (…) pojawiły się na tle interpretacji przepisu art. 4a pkt 4 PDOPrU, obowiązującego od 1.1.2003 r. Minister stwierdził na wstępie, że za zorganizowaną część przedsiębiorstwa nie można uznać samego budynku, nawet wówczas, kiedy znane jestjego przeznaczenie, np. na wynajem.