Zmiana dokonana w prawie podatkowym z dniem 1.1.2000 r. nie oznaczała kwestionowania przez ustawodawcę możliwości uwzględniania zobowiązań nabywanego przedsiębiorstwa w formule wyliczania wartości firmy u kupującego.

Pomimo tego, iż Minister Finansów w prawidłowy sposób zinterpretował cel ustawodawcy, umożliwiając podatnikom uwzględnienie zobowiązań w formule wyliczania wartości firmy, to nie ustrzegł się jednak kilku podstawowych błędów.

Po pierwsze, Minister Finansów uznał, że „mienie” w rozumieniu przepisów Kodeksu cywilnego to „coś innego” niż mienie w przepisach o amortyzacji. W piśmie urzędowym możemy przeczytać: „przyjęcie mienia, w rozumieniu prawa cywilnego, do obliczenia wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych pozbawia podmioty (nabywców) prawa do amortyzacji tych środków i wartości dla celów podatkowych” i w związku z tym „przyjęte do spłaty zobowiązania i fundusze specjalne, wykazane w pasywach bilansu (poz. C i D), pomniejszają wartość składników mienia”.

Pod pojęciem mienia należy jednak rozumieć sumę aktywów, bez 38 uwzględnienia obciążeń tego mienia. Wynika to zarówno z przepisów KC, jak również i z doktryny prawniczej. Wielka Encyklopedia Prawa (Białystok, Warszawa 2000), zawiera następującą definicję „mienia”: „Mienie wg KC jest to własność i inne prawa majątkowe należące do innego podmiotu: nie zawiera w sobie pasywów, zwłaszcza zobowiązań podmiotów”.

W oczach ustawodawcy zarówno „mienie”, jak i „składniki zwiększające aktywa” to w każdym przypadku (również przed 1.1.2000 r.) tylko i wyłącznie składniki majątkowe, nieobejmujące swoim zakresem zobowiązań.

Drugie, istotne uchybienie popełnione przez Ministerstwo Finansów, dotyczy definicji ceny nabycia. Minister Finansów w urzędowej interpretacji, powołując się na przepisy rozporządzenia o amortyzacji, za wartość początkową nabytych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych uznał „cenę nabycia, za którą uważa się kwotę należną sprzedającemu (ust. 4 § 6)”.