Rozliczenie wykonania obowiązku w zakresie zapewnienia odzysku (recyclingu) następuje na koniec każdego roku kalendarzowego. Przedsiębiorcy, którzy nie wykonali tego obowiązku są zobowiązani do uiszczenia opłaty produktowej, którą oblicza się jako iloczyn stawki opłaty i różnicy (wyrażonej w masie albo ilości produktów lub opakowań) pomiędzy wymaganym a osiągniętym poziomem odzysku (recyclingu). Opłata produktowa podlega wpłacie na odrębny rachunek bankowy właściwego urzędu marszałkowskiego do 31 marca roku kalendarzowego, następującego po roku, którego opłata dotyczy. Opłata ta (określona w art. 12 ust. 2 ustawy) stanowi koszt uzyskania przychodów przedsiębiorcy (art. 16 ust. 1 pkt 19a PDOPrU). Jeżeli jednak przedsiębiorca nie dokona wpłaty opłaty produktowej w terminie lub też dokona tej wpłaty w kwocie niższej, marszałek województwa wydaje decyzję, w której określa wysokość zaległości z tytułu opłaty produktowej wraz z odsetkami za zwłokę naliczonymi w wysokości i na zasadach określonych w OrdPU. W przypadku niewykonania tej decyzji marszałek województwa ustala dodatkową opłatę produktową w wysokości 50% kwoty niewpłaconej opłaty produktowej. Dodatkowa opłata produktowa nie może być zaliczona do kosztów uzyskania przychodów, podobnie jak odsetki od niewpłaconej w terminie opłaty produktowej (art. 16 ust. 1 pkt 19a i 21 PDOPrU).

Przedsiębiorca może wykonywać obowiązki w zakresie odzysku (recyclingu) odpadów samodzielnie lub (na podstawie umowy) za pośrednictwem organizacji odzysku. W tym drugim przypadku obowiązek uiszczenia opłaty produktowej oraz dodatkowej opłaty produktowej przechodzi na organizację odzysku. Konsekwencje podatkowe dla organizacji odzysku związane z terminowym uiszczaniem tych opłat są identyczne jak dla przedsiębiorcy samodzielnie wykonującego zadania w zakresie odzysku (recyclingu) odpadów.

Do 31.12.2003 r. przepisów ustawy o obowiązkach przedsiębiorców w zakresie gospodarowania niektórymi odpadami oraz o opłacie produktowej i opłacie depozytowej nie stosowało się do przedsiębiorców określonych w art. 45 tej ustawy, a więc tych, którzy w 2000 r. spełnili łącznie następujące warunki:

– osiągnęli przychód netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług oraz operacji finansowych poniżej 500 tys. zł,

– nie dokonywali do dnia 31.12.2000 r. importu towarów używanych lub odpadów.