Kosztem uzyskania przychodu nie są także odpisy amortyzacyjne od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, które zostały oddane do nieodpłatnego używania. Przedmiotowe odpisy nie stanowią kosztów tylko za miesiące, w których składniki te były oddane do nieodpłatnego używania. Od tej zasady jest jeden wyjątek. Oddanie budynku lub budowli do nieodpłatnego używania nie powoduje utraty przez podatnika prawa zaliczenia w koszty uzyskania przychodów odpisów amortyza- cyjnych od tych nieruchomości.

Od 2003 r. do art. 16 ust. 1 pkt 63 PDOPrU został dodany przepis, zgodnie z którym nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych nabytych w formie wkładu niepieniężnego, od tej części ich wartości, która nie została przekazana na utworzenie lub podwyższenie kapitału zakładowego spółki z ograniczoną odpowiedzialnością lub spółki akcyjnej. Należy przypuszczać, iż regulacja ta została wprowadzona w związku z obowiązującym od 2001 r. opodatkowaniem (po stronie udziałowca lub akcjonariusza) udziałów lub akcji objętych w zamian za wkład niepieniężny w innej postaci niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część (art. 12 ust. 1 pkt 7 PDOPrU). Przychodem jest tu wartość nominalna otrzymanych udziałów spółki z ograniczoną odpowiedzialnością lub akcji spółki akcyjnej. Może się jednak zdarzyć, iż udziały lub akcje zostaną objęte po cenie wyższej od wartości nominalnej, wówczas nadwyżka wartości udziałów lub akcji ponad ich cenę nominalną (agio) zostanie przelana do kapitału zapasowego (art. 154 § 3 i art. 396 § 2 KSH). Oznacza to, iż przy wniesieniu do spółki kapitałowej wkładu niepieniężnego (w innej postaci niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część), przychód podatnika będzie stanowiła nominalna wartość otrzymanych udziałów lub akcji:

– równa wartości rynkowej wkładu niepieniężnego (w przypadku udziałów lub akcji obejmowanych po cenie nominalnej), albo

– niższa od wartości rynkowej wkładu niepieniężnego (w przypadku udziałów lub akcji obejmowanych powyżej ceny nominalnej).