Zgodnie z art. 15 ust. le pkt 4 18 PDOPrU, wpłaty dokonywane przez powszechne towarzystwa emerytalne na Fundusz Gwarancyjny stanowią koszt uzyskania przychodów tych towarzystw. Jednak ustawa z 27.8.2003 r. o zmianie ustawy o organizacji i funkcjonowaniu funduszy emerytalnych oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. Nr 170, poz. 1651) dokonała zmiany, w wyniku której powszechne towarzystwa emerytalne aktualnie dokonują wpłat na części: dodatkową i podstawową Funduszu Gwarancyjnego. Zmiana ta nie znalazła odzwierciedlenia w przepisach ustawy podatkowej, tym niemniej, zdaniem autorów komentarza, należy przyjąć, że wpłaty na obie części Funduszu Gwarancyjnego mieszczą się w ustawowym pojęciu „wpłat dokonywanych przez powszechne towarzystwa emerytalne na Fundusz Gwarancyjny”. Za tego rodzaju interpretacją przemawia m.in. niezmienione brzmienie art. 188 FundEmU, zgodnie z którym „zwrot wpłat z Funduszu Gwarancyjnego stanowi przychód powszechnego towarzystwa w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym od osób prawnych”, wskazujące na zbiorcze potraktowanie przez ustawodawcę w trakcie wprowadzania zmian do FundEmU obu części Funduszu. Ponadto należy zauważyć, że konstrukcja części podstawowej Funduszu Gwarancyjnego odpowiada dotychczas obowiązującym regulacjom w zakresie wpłat na Fundusz Gwarancyjny, natomiast konstrukcja wpłat na część dodatkową Funduszu jest ukształtowana analogicznie do przepisów dotyczących wpłat na rachunek rezerwowy otwartego funduszu emerytalnego, uznawanych za koszty uzyskania przychodów towarzystwa emerytalnego zgodnie z postanowieniami art. 15 ust. 1 epkt 2 PDOPrU. Jednakże wykładnia gramatyczna art. 15 ust. Iepkt4 PDOPrU w świetle najnowszych zmian Rozdziału 19 FundEmU dotyczącego tworzenia i funkcjonowania Funduszu Gwarancyjnego może budzić wątpliwości interpretacyjne.