Bez wątpienia odsetki naliczone i zapłacone po zakończeniu inwestycji, tj. po dniu oddania środka trwałego oraz wartości niematerialnych i prawnych do używania, nie powiększają wartości początkowej tych składników majątku. W związku z tym, w powyższej sytuacji, zaliczenie zapłaconych odsetek od pożyczek i kredytów w całości do kosztów uzyskania przychodów uzależnione jest od tego, czy przepisy o cienkiej kapitalizacji nie stawiają w tym zakresie ograniczeń.

Przy kwalifikacji kosztów prac rozwojowych do wartości niematerialnych i prawnych, wyodrębniając je z kosztów prac badawczo-rozwojowych, należy uwzględnić również warunki określone w art. 33 ust. 2 ustawy z 29.9.1994 r. o rachunkowości (Dz.U. Nr 121, poz. 591), tj.:

Zgodnie z orzeczeniem NS A, podatnik może zaliczyć do kosztów podatkowych podatek naliczony związany z zakupem towarów lub usług, które posłużą mu do wytworzenia albo odprzedaży towarów lub świadczenia usług niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Zgodnie z art. 4a PDOPrU, pod pojęciem „zorganizowanej części 9 przedsiębiorstwa” rozumieć należy wyodrębniony organizacyjnie i finansowo w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników, zarówno o charakterze materialnym, jak i niematerialnym, w tym zobowiązania, który może samodzielnie realizować określone zadania gospodarcze, a zarazem mógłby stanowić odrębne przedsiębiorstwo1.