Regulacja zawarta w art. 16 ust. 1 pkt 46 PDOPrU jest skorelowana z art. 25 VATU, który stanowi o przypadkach, w jakich nie stosuje się obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego. Przy wytworzeniu czy odsprzedaży towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku od towarów i usług, podatnik nie nalicza podatku, tak więc nie powstanie u niego podatek należny, od którego mógłby odliczyć podatek naliczony.

O zwolnieniach przedmiotowych w podatku od towarów i usług stanowi art. 7 VATU: w przepisie tym wyliczone są rodzaje czynności (i związane z nimi towary i usługi), których wykonanie jest zwolnione od podatku od towarów i usług.

Ponadto podatek naliczony może być zaliczony w koszty uzyskania przychodów w części, w jakiej zgodnie z przepisami VATU podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku od towarów i usług. Podatnik jest pozbawiony prawa obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego, w przypadku nabycia towarów lub usług enumeratywnie wymienionych w art. 25 VATU oraz w przepisach rozp. Ministra Finansów z 22.3.2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 27, poz. 268 ze zm.). Przykładowo, podatnik może zaliczyć do kosztów podatkowych podatek naliczony od zakupionego samochodu osobowego (z wyjątkiem np. przypadku, gdy podatnik ten prowadzi działalność gospodarczą w zakresie odprzedaży samochodów), bowiem art. 25 ust. 1 pkt 2 VATU wyłącza prawo podatnika do obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego.

Warunkiem zaliczenia w koszty uzyskania przychodów podatku naliczonego jest, aby kwota tego podatku nie powiększała wartości środka trwałego, albowiem doprowadziłoby to do podwyższenia wysokości odpisów amortyzacyjnych (podatnik nie może zaliczyć dwukrotnie w koszty podatkowe tego samego wydatku).