Ustawodawca wykluczył możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych kar, opłat i odszkodowań oraz odsetek od tych zobowiązań powstałych z tytułu nieprzestrzegania przepisów w zakresie ochrony środowiska (art. 16 ust. 1 pkt 19 lit. a) PDOPrU). Zgodnie z ustawą z 27.4.2001 r. – Prawo ochrony środowiska (Dz.U. Nr 62, poz. 627 ze zm.), podatnik może być zobowiązany do zapłaty odszkodowań za naruszenie stanu środowiska, opłat za gospodarcze korzystanie ze środowiska i kar pieniężnych za naruszenie wymagań ochrony środowiska.

Odpowiedzialność za skutki naruszenia stanu środowiska przewidziana została w art. 322 ustawy – Prawo ochrony środowiska, według którego podatnik ponosi przewidzianą prawem cywilnym odpowiedzialność za szkody wynikające z działań lub zaniechań wpływających szkodliwie na środowisko. O wysokości odszkodowania orzeka sąd powszechny.

W przypadku gospodarczego korzystania ze środowiska i za wprowadzanie w nim zmian podatnik zobowiązany jest do uiszczania opłat. Zgodnie z art. 273 i nast. cytowanej ustawy, opłaty uiszczane są za:

– wprowadzanie substancji zanieczyszczających do powietrza, do wód, do ziemi, pobór wód i składowanie odpadów,

– usuwanie drzew lub krzewów,

– inne formy korzystania ze środowiska.

W art. 276 ust. 1 tej ustawy przewidziano, że każda jednostka, która korzysta ze środowiska bez uzyskania wymaganego pozwolenia lub innej decyzji ponosi opłatę podwyższoną za korzystanie ze środowiska. Zgodnie z wyjaśnieniami MF z 8.2.2000 r. (PB-3757-722-554/FIS/99, S.Podat. 2000/9/17):

„ W aspekcie przepisów z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (….) nie wszystkie opłaty z tytułu gospodarczego korzystania ze środowiska naturalnego stanowią koszty uzyskania przychodów. Stosownie bowiem do art. 16 ust. 1 pkt 19 ustawy nie uważa się za koszty uzyskania przychodów kar, opłat i odszkodowań oraz odsetek od tych zobowiązań z tytułu nieprzestrzegania przepisów w zakresie ochrony środowiska.

Oznacza to, że są kosztami uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych dokonane opłaty za wprowadzanie substancji zanieczyszczających do powietrza nie przekraczające norm ilościowych i odpowiadające rodzajom tych substancji, które mogą być odprowadzane do powietrza, obliczone zgodnie ze stawkami określonymi w rozporządzeniu w sprawie opłat za wprowadzanie substancji zanieczyszczających do powietrza oraz za usuwanie drzew lub krzewów.